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CIBER Memoria anual 2019
• La generación de modelos de eliminación de EDG, MMP14, TAZ y YAP mediante edición genómica utilizando la tecnología CRISPR-Cas9, que se utilizaron para evaluar la funcionalidad de estas moléculas en modelos in vitro e in vivo de melanoma uveal.
Estos resultados del Programa se incluyeron en una solicitud RETOS-colaboración que se envió en octubre de 2019, y que está pendiente de evaluación en estos momentos. La generación de resultados preliminares adicionales de este primer proyecto cooperativo del Programa continúa en estos momentos.
Durante todo el 2019, llevamos a cabo un segundo proyecto cooperativo, que tiene como objeto el panorama inmunológico de los tumores uterinos. Cada grupo proporcionó herramientas, muestras y datos clínicos sobre este tumor, en los que hasta ahora no se había llevado a cabo ninguna investigación traslacional cooperativa en España. El proyecto se puso en marcha en setiembre de 2018, tras la aprobación del Scientific Advisory Board de CIBERONC. Los logros hasta fines de diciembre de 2019 incluyen:
Estudio piloto multiparamétrico y multicéntrico de caracterización de una pequeña serie de carcinomas endometriales mediante estudio del estroma y la tensegridad (Gomoripath), de la caracterización inmunofenotípica de las células del estroma (Vectra-Polaris), y de la caracterización genómica de las células tumorales y de las estromales.
La actividad de este segundo proyecto cooperativo se prolongará hasta finales de 2021.
Durante 2019 se han concedido dos proyectos cooperativos al Programa para la financiación de la actividad en los tumores uterinos: Proyecto Marató-TV3 carcinoma endometrial (2019: 396k €); Proyecto de excelencia de la Junta de Andalucía sobre el sarcoma del estroma endometrial (2019: 400k €).
Mecanismos de Progresión Tumoral
Coordinador: Xosé García Bustelo · Co-coordinadora: Anna Bigas Salvans
Avances científicos: hemos establecido nuevas herramientas in silico para interrogar de forma óptima datos del proyecto PanCancer. Por un lado, hemos ampliado el programa CancerTool ya descrito (Cancer Res 2018 PMID: 30232219; grupos Bustelo, Carracedo y López-Otin) para incluir información sobre el estroma, la metilación y el tropismo metastásico. También hemos generado nuevos algoritmos y programas para identificar alteraciones en el número de copias de genes (Fat-Copy, grupos Carracedo y Lopez-Otín) así como correlaciones entre variaciones de copias de genes y niveles de expresión (CIBER-Amp, grupos de Bustelo y Lopez-Otín). También hemos implementado protocolos bioinformáticos para interrogar los datos de GEO y PanCancer para identificar cambios en la expresión, metilación, número de copias, hot-spot mutacionales y fenómenos de selección positiva/negativa de mutaciones tanto en tumores concretos como de forma general. Finalmente, hemos generado algoritmos para obtener datos funcionales derivados de cribados basados en el uso de shRNA y CRISPR-Cas9 pangenómicos realizados en células tumorales (grupo Dr. Bustelo).
En cuanto a hallazgos científicos más señeros, destaca la identificación de nuevos drivers y procesos biológicos implicados en quimioresistencia y respuestas a inmunoterapias en cáncer colorrectal, cáncer de vejiga y glioma (Mol Cell 75: 669, PMID: 31302002; Nat Med 25: 1073, PMID: 31270502; Nat Commun 10: 2416, PMID: 31186412; grupos de los Dres. Espinosa/Bigas, Paramio y Seoane). Se han identificado también nuevos marcadores de superficie para su uso en tratamientos CAR-T, uno de los cuales se ha traducido ya en una nueva terapia que está en estos momentos en fase de validación clínica (Blood 133: 2291, PMID: 30796021; Leukemia 33: 1557, PMID: 30635633; grupo del Dr. Menéndez).
Patentes: tres patentes para proteger nuevos marcadores diagnósticos (P201930419 y P201830811, grupos de los Dres. Crespo y Paramio, respectivamente) y terapias CAR-T (EP19382104.8, grupo Dr. Menéndez).
Actividades inter-Programa: organización de un curso sobre técnicas bioinformáticas para el análisis de genomas en cáncer (grupo Dr. Paramio). Puesta a punto de tres herramientas bioinformáticas para el análisis in silico de datos derivados del proyecto Pan-Cancer (CancerTool, Fat-Copy, CIBER-Amp (grupos de los Dres. Carracedo, Bustelo y López-Otín).
Proyectos de relevancia internacional: estos incluyen proyectos conseguidos a través de los programas PerMed (H2020), German J Carreras Foundation, Proof-of-Concept ERC (todos ellos de componentes del grupo de la Dra.