Un proyecto liderado por Josep Quer, investigador del CIBEREHD -perteneciente al grupo liderado por Juan Ignacio Esteban Mur en el Hospital Vall d´Hebron- propone realizar la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2 en pacientes de Covid -19 graves y leves para identificar factores de pronóstico y virulencia.
Hasta el momento, ya se ha conseguido secuenciar el genoma del SARS-CoV-2 en dos pacientes de Vall d'Hebron mediante técnicas de secuenciación masiva de última generación. Se trata de dos secuencias completas y sin errores que ya se pueden consultar en GISAID, una base de datos internacional, de acceso libre que recoge las secuencias de miles de virus de la gripe y que ahora acoge también las del SARS-CoV-2, así como datos epidemiológicos y clínicos relacionados.
El presente proyecto propone cuatro objetivos principales:
El primero, leer el genoma del SARS-CoV-2 completo, mediante la tecnología de secuenciación de última generación. Este procedimiento se podrá adaptar a otras situaciones de emergencia para otros posibles agentes infecciosos en un futuro.
El segundo, estudiar la diversidad genética de los virus aislados de pacientes con Covid-19 leve y grave para identificar los factores víricos asociados a la virulencia del virus.
El tercero, identificar diferencias entre genomas virales aislados de las vías respiratorias superiores e inferiores, que podría determinar la diversidad viral dentro del huésped y la capacidad de transmisión del virus.
Y el cuarto, identificar regiones altamente conservadas en el genoma del virus (que son las que se deben intentar atacar) para la búsqueda de medicamentos antivíricos de acción directa y el diseño de vacunas.
“Desde el punto de vista epidemiológico el estudio permite comparar las secuencias entre diferentes poblaciones y países de todo el mundo para ver cómo el virus va cambiando a medida que se extiende entre la población. Este conocimiento será útil para predecir qué puede pasar en los próximos años y cómo actuar. Además, obtener el genoma completo del virus SARS-CoV-2 en cada individuo abre las puertas al estudio de su variabilidad, de evolución del virus, y de factores pronósticos de los pacientes” asegura el Dr. Quer.
El trabajo es uno de los proyectos que recibirán financiación de la convocatoria de urgencia impulsada por el Departamento de Salud de la Generalidad de Cataluña mediante la Dirección General de Investigación e Innovación en Salud (DGRI) con la colaboración de AQuAS y Biocat y dirigida a los centros de la alianza IRISCAT (Institutos de Investigación e Innovación en Salud de Cataluña) para la prevención y tratamiento de la enfermedad Covid-19.
